A gyermekeket gyermektelen pároknál, árvaházakban vagy egyházi intézményeknél helyezték el Turkowiceben és Chotomówban. Meg is keresztelték őket. Michal Glowinski életét Irena mentette meg. A férfi később így mesélt róla: „Egy szervezési géniusz volt. Bár ő volt a legfiatalabb a szervezetben, képes volt gyors döntéseket hozni és senki sem kérdőjelezte meg azokat.” Irena 2500 gyermek életét mentette meg.
A háború után szerette volna egyesíteni ezeket a családokat. A gyermekek valódi és új személyazonosságát kódolva leírta és egy üvegben elásta egy almafa tövében, mely a német hadsereg egy barakkja mellett állt. 1943. október 20 -án azonban valaki elárulta titkát, és a Gestapo a hírhedt Pawiak börtönbe vitte. Megkínozták, három hónapig fogva tartották és halálra ítélték.
Kezét, lábát eltörték, de ellenállt a kínzásnak és nem adta ki a gyermekek adatait. Irena kivégzésével példát akartak statuálni mindenkinek, aki segíteni próbál a zsidó családoknak, Varsóban plakátokon hirdették ki Irena halálos ítéletét. A Zegotának szerencsére sikerült lefizetnie az őröket, így Irenát nem ölték meg, hanem egy erdőben hagyták összeverve.
A háború további részében rejtőzködve, álnéven élt, de továbbra is részt vett zsidók mentésében. A háború után kiásta a gyermekek adatait tartalmazó üveget az almafa alól. Bár az iratokat átadta a zsidó egyház képviselőinek, sajnos terve nem válhatott valóra, nem tudta egyesíteni a családokat. A legtöbb gyermek családja életét veszítette Treblinka gázkamráiban. Sokan befogadó szüleiknél maradtak, ötszáz gyermek Izraelben kezdett új életet, ötszázan pedig szétszéledtek a világban.
A szovjet hatalomátvétel után Irenát a kommunista kormány üldözte, mert kapcsolatban állt az emigráns lengyel kormánnyal. Bár emberek ezrein segített, a saját élete nem volt mentes válságoktól, zűrzavartól. A családi legenda szerint Irena egyszer elment egy jósnőhöz, aki azt mondta neki: háromszor fog férjhez menni, de csak két férje lesz. A háború után Irena elvált Sendlertől és 1947-ben hozzáment Stefan Zgrzembskihez, akivel a háború előtt találkozott. Három gyermekük született, Janka, Andrzej, aki gyermekkorában elhunyt és Adam, aki felnőttként szívelégtelenségben halt meg.
Irena 12 évvel később elvált Stefantól és újra összeházasodott Sendlerrel. Bár Irena rengeteg ember életét mentette meg, a saját életét nem tudta rendbe tenni. Második házassága Sendlerrel szintén nem sikerült. Janka lánya szerint anyjuk túl sokat dolgozott, meg akarta menteni a világot, de őket nem. Saját családjára nem mindig jutott ideje.
Irena sosem vásárolt semmit. Úgy gondolta, ha újra kitör a háború, minden megsemmisül. Férje volt az, aki könyveket, használati tárgyakat vett. A villámlástól és tűzijátéktól rettentően félt, hiszen a fegyverropogásra emlékeztették. Nem tudott egyedül aludni, csak ha tudta, más is tartózkodik a lakásban. Bár a háborúban hőstetteket hajtott végre, a hétköznapi életben nem tudott kiigazodni. A háború borzalmai nagyon megviselték.
