1971-ben patológus-szakvizsgát tett az Orvostovábbképző Intézetben, 1976-ban elnyerte az orvostudományok kandidátusa címet, 1987-ben pedig az orvostudományok doktora lett.
2000-ig a SOTE I. Sz. Patológiai és Kísérleti Rákkutató Intézetében dolgozott, majd 2000-től 2008-ig a Semmelweis Egyetem II. Számú Patológiai Intézetét vezette.
Schaff Zsuzsát 2010-ben az MTA levelező, 2016-ban pedig rendes tagjává választották.
Munkásságát számos kitüntetéssel, egyebek mellett Széchenyi- és Batthyány-Strattmann László-díjjal ismerték el. 2021-ben a Magyar Érdemrend középkeresztje polgári tagozat kitüntetést vehette át.